La peste bubónica de 1599 diezmó la población burgalesa y el huracán de 1642 desmochó la ocho torrecillas del cimborrio; por los andamiajes en su reparación se produjo un voraz incencio en 1644. En 1736 se incendió el castillo causando gran destrucción y en 1812 el palacio arzobispal.