Escasas noticias vinculan a este santo con nuestra ciudad y provincia. El apellido Sahagún tenía un viejo abolengo en Burgos. Entre 1440 y 1456, San Juan regentó un curato en Tañabueyes, en el partido de Salas de los Infantes. Luego fue nombrado canónigo por Alonso de Cartagena. El Ayuntamiento de Burgos contribuyó a su proceso de canonización con una limosna de 300 ducados, a petición de Felipe III, en 1609.