Promovido a la diócesis de Burgos en 1514 tuvo fuertes altercados con su Cabildo que le proporcionaron hondos desazones y amarguras especialmente con el levantamiento Comunero pues se dijo que había proporcionado a su hermano Antonio la artillería para el incendio y destrucción de Medina del Campo, por lo que tuvo que huir de la ciudad para evitar las iras de los comuneros burgaleses.