La salida de la vía se registró sobre las 21.15 horas, cuando el tren circulaba ya por la provincia de Burgos, concretamente a la altura de la localidad de Villaquirán de los Infantes, según informaron fuentes de Renfe, que está investigando las causas por las que se produjo este accidente.
A consecuencia del incidente, el convoy quedó detenido durante más de una hora en ese punto, con los 99 pasajeros a bordo hasta que la compañía ferrovaria envió un tren de media distancia que hacía la misma ruta para transbordarlos, operación que, según dichas fuentes, llevó casi 70 minutos.