Nacido en Irúin, ascendió a la Real Sociedad B a Segunda División y dirgió al primer equipo donostierra la pasada temporada en Primera División.
Como jugador se formó en la cantera de la Real Sociedad. Tras salir del club donostiarra, jugó la mayor parte de su carrera en la Segunda División B de España en los clubes SD Eibar, CD Onda, Real Unión de Irún, Zamora CF, Lorca Deportiva CF, Club Gimnàstic de Tarragona y Sestao River Club. Terminó su carrera como jugador en 2012 en el Club Deportivo Laudio.
Al terminar su carrera como jugador se integró en el cuadro técnico del Real Unión. En verano de 2012 se convierte en el segundo entrenador del equipo, entonces dirigido por Imanol Idiakez. En 2013 toma la posición de entrenador.[2] Al concluir la temporada 2013-2014 el club anuncia la no renovación de Francisco como entrenador.
Tras salir del club de Irún, ingresó en la cantera de la Real Sociedad para dirigir a su equipo juvenil y ser segundo entrenador de la Real Sociedad C. El 5 de julio de 2017, la Real Sociedad anunció que Sergio Francisco pasaba de ser segundo entrenador del segundo filial donostiarra a ser el primer entrenador de la Real Sociedad C, al que dirigió durante cinco temporadas.
El 31 de mayo de 2022, se convirtió en entrenador de la Real Sociedad B, recién descendido a la Primera División RFEF. El 25 de abril de 2025, fue anunciado como el sustituto de Imanol Alguacil al frente del primer equipo, con un acuerdo que se haría efectivo a principios de la temporada 2025-26.
Tres días después, dejó su puesto en el filial para dedicarse exclusivamente a la planificación de la próxima temporada con el departamento de fútbol del club. Sin embargo, el 14 de diciembre, fue relevado de sus funciones después de un mal comienzo en la temporada.[